阪神・淡路大震災前夜（1990年代初頭～1994年12月）
市民団体による法人制度を目指す動きは、1980年代半ばから始まっていました。そして1990年代前半には、総合研究開発機構（NIRA）の助成による「市民公益活動の基盤整備に関する調査研究」グループ、東京ランポ（現、認定NPO法人まちぽっと）の「市民活動促進制度研究会」、自由人権協会の「NGO税制の改善に関する研究会」、市民フォーラム2001の「NGO活動推進委員会」、大阪大学の「NPO研究フォーラム」など、新しい法改正を検討する研究会が独立にいくつも立ち上がっていました。
このうち、東京ランポ、自由人権協会、市民フォーラム2001の研究会が母体となって、1994年11月、「シーズ＝市民活動を支える制度をつくる会」が市民団体24団体によって結成され、立法運動の中心となっていきました。
一方、自社さ（自由民主党、日本社会党、新党さきがけ）の与党3党や日本新党、そして経済企画庁や各省庁のなかでも、NPO法に向けた議論が始まっていました。1993年8月に日本新党のNPO議員立法タスクフォース、1994年10月にさきがけのNPS研究会が立ちあがったほか、自民党、社会党でも研究会が開かれていました。
こうしてNPO法制定への動きが出揃った矢先に、阪神・淡路大震災が起こったのです。
阪神・淡路大震災の発生と、省庁連絡会議の動き（1995年1月～1995年11月）
1995年1月の阪神・淡路大震災の発生とボランティアの活躍は、NPO法に向けた動きに大きな影響を与えました。2月には、経済企画庁を事務局とする18省庁によって「ボランティア問題に関する関係省庁連絡会議」（以下、省庁連絡会議）が設置され、与党3党による「NPOプロジェクトチーム」、新進党の「NPOパートナーズ」も結成されました。
当初は、省庁連絡会議が「ボランティア支援立法」の制定に向けて主導権を握ろうとしたのに対し、与党3党と新進党は議員立法での検討作業を進めていきます。市民団体の間でも省庁の動きへの反発が強まり、4月に「ストップ！18省庁連絡会議」をスローガンとする「市民活動の制度に関する連絡会」（以下、市民活動連絡会）が結成されました。1995年11月には経済企画庁が省庁連絡会議の中間報告を官房長官に提出しますが、NPOプロジェクトチームが「議員提案で立法する」旨を官房長官に申し入れ、中間報告の発表は見送りとなりました。
なお、この時期に政党のなかではいち早く新進党が法案を提出しています。
与党3党の第一次合意と、プロジェクトの行き詰まり（1995年11月～1996年9月）
省庁連絡会議が退いた代わりに、与党3党間や市民団体間で法案をめぐる見解の相違が表面化しました。そして、1996年1月の村山内閣退陣と橋本内閣発足にはじまる政局の混乱と相まって、議論がもつれていきます。
与党3党の間で争点となったのは、①法律の対象とする団体を「公益目的の活動をするボランティア団体」に限定するかどうか、②法人格の付与にあたっては所轄庁の認可にするのか、認証にするのか、届出にするのか、③認証の取り消しを所轄庁ができるようにするかどうか、といった点であり、行政の論理を踏まえた自民党と、市民側からの意見を踏まえたさきがけが左右の極に位置し、社会党がその調整を進めました。
与党NPOプロジェクトでは1995年12月に「市民活動促進法案」（骨子）を合意、1996年2月に「与党NPO確認事項」を合意し、4月に法案を提出する予定となりました。
しかし4月に自民党が提示した修正案は、①公益性を二重に要件としている、②通常要する費用を上回る対価を受けて行う活動を含まない、③政治活動を制限する、④広域で活動する団体の所轄庁を中央官庁とする、⑤いつでも立入検査できる、などの点で合意事項を後退させる内容でした。このため社民党とさきがけが強く反発、NPOプロジェクトチームは行き詰りました。議論を引き継いだ与党政策調整会議でも、平行線をたどります。
なお、この時期に新進党は与党3党案では棚上げにされていた税制優遇に踏み込んだ法案を提出しています。
市民活動促進法案の衆議院通過（1996年9月～1997年6月）
こうした状況に変化を与えたのが、1996年秋の衆議院解散・総選挙と民主党結成です。民主党は、NPO法制定を最重要課題の1つとして位置づけました。これに対し自民党は、「①近づく総選挙を前に、野党に有利な争点を残したくない。②総選挙後の連立政権のために実績を作っておく」という理由から社会党・さきがけに譲歩するようになり、与党政策調整会議で合意に至りました。
大きな争点だった「公益の増進に寄与する」は「不特定かつ多数のものの利益の増進に寄与すること」となり、「通常要する費用を上回る対価を受けて行う活動を含まないもの」は「開かれた社会貢献活動」となりました。総選挙後の臨時国会では、熊代試案（自民党）および辻本試案（社会党）をめぐって議論が起きますが、12月に法案を提出することで与党3党が合意、「市民活動促進法案」が衆議院に提出されました。
1997年1月からの通常国会では、与党3党と民主党の協議が行われ、民主党は「活動分野」や「社員名簿の提出」等に関して与党案に修正要望を出すことで妥協を図りました。再び政局がもつれたこともあって協議は長引きますが、1997年6月に与党3党と民主党が合意に至り、「市民活動推進法」として衆議院を通過しました。
なお、この時期に新進党は与党法案の審議入りの阻止を狙った戦略を取るようになりました。また、共産党は独自の法案を提出しています。
参議院での修正協議と、特定非営利活動促進法案成立（1997年7月～1998年3月）
衆議院を通過した「市民活動推進法案」を待ち受けていたのは、参議院自民党の抵抗でした。とりわけ法案の名称などに反対意見が出て、修正協議に時間を要することになりました。この時期には、見解の違いを示していた市民団体同士も足並みを揃えるようになり、1997年10月には東京・福岡・大阪で「市民公聴会」を開催。また、経済界もNPO法成立に向けた働きかけを行うようになり、経団連が1997年10月にNPO法案の早期成立を求める声明を発表しています。
参議院与党3党での協議は、1997年12月、法律名称を「特定非営利活動促進法」と変更する等の合意に至ります。その後も、平成会（参議院新進党と公明党）による抵抗や、新進党解党などの政局の流動化にも直面しながら、1998年1月からの通常国会で参議院労働・社会政策委員会での審議が進められていきました。
最後の修正協議の最中、シーズや連絡会の呼びかけにより2821の市民団体が「『NPO法案』に関する緊急提案」を各党に申し入れています。2月に与党3党と民友連・公明党が修正案に合意し、自由党と共産党も法案に賛成しました。
こうしてようやく、1998年3月、「特定非営利活動促進法」が参議院を通過し、衆議院でも可決され、成立に至りました。
NPO法の施行と、認定NPO制度制定（1998年4月～2001年3月）
1998年のNPO法は、施行後2年以内に見直しの成案を得るという「附帯決議」がなされました。つまり、1998年時点では「法人格についての文言」に限定され、「税の優遇措置」については議論が持ち越されたのです。
そこで、自民党・民主党・公明党・共産党・社民党の各党にNPO委員会が設置されるとともに、NPO法制定に関わった議員を中心とする超党派の「NPO議員連盟」が結成され、NPO優遇税制に向けて議論が進められました。また、シーズなどの市民団体も「NPO／NGOに関する税・法人制度改革連絡会」を結成し、積極的に働きかけを行うようになっていきます。
これらの動きが本格化した2000年には、2月に連絡会が各党およびNPO議員連盟に要望書を提出し、6月の衆議院選挙では各党の選挙公約にNPO優遇税制が入れられました。ただし、NPO議員連盟では優遇税制も議員立法で立法化することを目指していましたが、森内閣不信任をめぐる、いわゆる「加藤の乱」などの影響を受けて政府立法で進められることとなります。
2001年3月に「租税特別措置法等の一部を改正する法律案」が可決され、認定NPO制度が制定されました。